根据上海市现行的留学回国人员落户政策，留学生在回国后需在规定时间内申请落户，否则可能影响资格。目前政策并未明确设定“必须在回国两年内申请”的硬性截止期限，但对“回国后首次来沪工作并申请落户”的时间有一定要求，建议尽早办理。
根据上海市人力资源和社会保障局发布的相关政策，留学人员申请落户上海需满足以下基本条件：
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学历要求：在国外高校获得博士学位；或在世界排名前500强高校获得硕士学位；或在境外高水平大学获得学士及以上学位，且累计境外学习时间符合要求（如硕士通常需满1年，本科需满2年等）。
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回国时间与来沪工作：原则上要求留学人员回国后2年内来沪工作，并持续在本市就业。虽然政策未明文规定“超过两年就不能落户”，但超过较长时间（如5年以上）可能被视为不符合“及时来沪就业”的精神，影响审批通过率。
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就业单位资质：用人单位需在上海注册，依法纳税，且具备人事录用资质。部分重点企业、高新技术企业、自贸区企业等更易获批。
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社保与纳税：申请时需在上海连续缴纳社会保险和个税一定期限（通常为6个月至1年，视情况而定），且缴费基数需达到规定标准。
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无违法记录：申请人需无刑事犯罪记录，遵守国家法律法规。
若留学生回国已超过两年才来沪工作，是否还能落户，需结合具体情况评估。近年来，上海对高层次留学人才持开放态度，对于在海外有突出成就、所学专业符合本市重点发展领域（如集成电路、人工智能、生物医药等）的人才，即使回国时间较长，仍有机会通过“留学回国人员落户”或“人才引进”渠道申请。
建议：即使超过两年，仍可尝试申请。应尽快与用人单位沟通，准备完整材料（包括学历认证、劳动合同、社保记录、个税证明等），通过“上海一网通办”平台提交申请，或咨询上海市人才服务中心获取最新政策指导。
总之，虽然“超过两年”可能增加审批难度，但并非绝对禁止。关键在于学历背景、就业单位、社保缴纳及是否符合上海产业发展需求。及时咨询官方机构，把握政策动态，是成功落户的关键。