同一境外企业进行两次ODI（境外直接投资）备案，通常是指境内投资主体向同一家境外企业进行分阶段或分笔出资的情形。根据中国现行外汇及对外投资管理规定，此类操作需遵循国家发展改革委（NDRC）、商务部（MOFCOM）及国家外汇管理局（SAFE）的相关要求。

首先，若境内企业计划对同一境外企业进行多次投资，每次投资均需依法履行相应的ODI备案或核准程序。若首次投资已完成ODI备案并取得《企业境外投资证书》，第二次投资仍需重新申报，尤其是新增投资金额、资金来源、投资目的等发生变化时，必须重新提交备案材料。

其次，两次备案可基于不同投资阶段的商业需求，例如初期设立境外公司，后续增资扩股。只要投资主体、投资路径、资金用途等符合政策要求，且未涉及敏感国家、行业或项目，通常可顺利完成第二次备案。

需注意的是，两次备案之间应有合理的商业逻辑和资金安排。监管部门可能关注资金来源的合法性、投资真实性及是否存在规避监管的行为。例如，不得通过分拆投资金额规避核准程序（如将超过限额的投资拆分为多次小额备案）。

此外，银行在办理外汇登记及资金汇出时，会核对ODI备案信息。第二次投资需凭新的备案文件办理外汇变更登记，并确保与首次登记信息衔接一致。

总之，同一境外企业接受两次ODI备案是合规允许的，但每次投资均需独立履行备案程序，确保材料真实、完整，并符合国家对外投资政策导向。建议企业在操作前咨询主管部门或专业机构，确保合规性。